Mittels flexibler und starrer Endoskope können Hohlorgane wie Nase, Trachea, Lunge, Speiseröhre, Magen und Darm von innen untersucht und gegebenenfalls gleichzeitig Fremdkörper oder kleine Tumore entfernt werden.

Für diese Untersuchung muss das Tier in Vollnarkose gelegt werden, wobei diese im Regelfall nur von kurzer Dauer ist.

Es wird zwischen Rhino-, Tracheo- und Gastroduodenoskopie unterschieden.

Für die endoskopischen Untersuchungen des Magens sollte das Tier 24 Stunden nüchtern sein und bei einer Koloskopie wenn möglich 36 Stunden, da der Magendarmtrakt weitestgehend leer sein muss um sich das betroffene Gewebe auch richtig anschauen zu können.